Cistude Nature peut mener à bien ses missions grâce au soutien de nombreux partenaires publics et privés :

• - L'union européenne par le biais du FEDER
• - La DREAL Aquitaine
• - Le Conseil Régional d'Aquitaine
• - Le Conseil général de Gironde
• - Le Conseil général des Pyrénées-Atlantiques
• - Le Conseil général des Landes
• - Le Conseil général du Lot-et-Garonne
• - Le Conseil général de Dordogne
• - L'Agence de l'Eau Adour-Garonne
• - La Cub
• - La Mairie du Haillan
• - La Fondation Nature & Découvertes

Les partenaires de l'éducation à l'environnement et au développement durable :

• - Centre des Classes Citadines
• - OCCE (Office Central de la Coopération aux Ecoles)
• - Cub (Communauté Urbaine de Bordeaux)
• - SMEGREG (Syndicat Mixte d'Etude pour la Gestion de la Ressource en Eau en Gironde )
• - Conseil général de Gironde
• - Cistude Nature est adhérente du réseau GRAINE Aquitaine

L'association collabore avec de nombreuses structures de la région Aquitaine, et notamment :

• La LPO Aquitaine
• L'Office National des Forêts
• Le CEN Aquitaine
• Le Conservatoire Botanique National Sud-Atlantique et l'Observatoire de biodiversité végétale de Nouvelle-Aquitaine