De nombreuses menaces pèsent sur le Cuivré des marais mais la principale reste la disparition des zones humides.

Parmi les autres menaces, on peut citer :

• Le drainage des parcelles dans le cadre de l’urbanisation et de l’exploitation agricole
• Le comblement des marais
• La fermeture des prairies due à la déprise agricole
• Le retournement de prairies naturelles pour une mise en culture (maïs principalement)
• La plantation de peupliers
• Les aménagements touristiques
• La banalisation des prairies de fauche avec de l’amendement et/ou de l’ensemencement qui entraine la disparition des oseilles sauvages.
• La disparition de corridors écologiques permettant les déplacements entre différents sites

 Les fauches des bords de routes et des bords de cours d’eau, les curages des fossés et le pâturage intensif sont d’autres menaces qui pèsent sur le Cuivré des marais et sur ses milieux.