Cistude Nature réalise et applique des plans de gestions de milieux naturels.
Basés sur la méthodologie de gestion des Réserves Naturelles, les plans de gestions permettent, après un diagnostic écologique sur un site donné, de définir des objectifs de gestion et les actions qui permettront de répondre à ces objectifs.
Le diagnostic écologique consiste à identifier le patrimoine naturel présent, à évaluer la fonctionnalité des écosystèmes et analyser le contexte territorial du site. A partir de ce diagnostic, la valeur du patrimoine et les enjeux de conservation sur le site peuvent être définis.
A partir de ce travail, des objectifs généraux, déclinés en objectifs opérationnels, sont établis. Pour répondre à ces objectifs, des opérations de gestion sont prévues et précisées dans des fiches-action décrivant l'ensemble des éléments nécessaires à la réalisation de l'action.
Cistude Nature a mis en place le plan de gestion des périmètres immédiats de captage d'eaux des Sources de Thil-Gamarde, site de nature préservé au coeur de la zone urbaine de la Cub. Depuis 2008, elle assure le suivi des actions de gestion et le suivi des habitats et des espèces patrimoniaux. Ce plan de gestion est réalisé pour le compte de Lyonnaise des Eaux et de la Cub. Deux autres sites de captage sont aussi gérés écologiquement : Cap de Bos et Bellefond.
Depuis 2010, Cistude Nature travaille à la gestion écologique du Domaine de Bonsol, sur la commune d'Arveyres, pour le compte d'ASF, propriétaire de 80 hectares au coeur du Grand Marais d'Arveyres. Les prairies mésophiles et humides de ce site sont entretenues par une agricultrice locale, Bérénice Walton, qui y fait pâturer son troupeau et fauche une partie des parcelles, selon un cahier des charges strict, compatible avec la préservation de la biodiversité.
Depuis 2013, Cistude Nature assure la maîtrise d'oeuvre et les suivis des habitats et espèces patrimoinaux sur un site naturel appartenant à la Communauté d'Agglomération du Libournais, sur la commune d'Abzac.
En 2008, Cistude Nature a réalisé pour le compte du Conseil Général de la Gironde le plan de gestion du Marais des Brizards, un de ses Espaces Naturels Sensibles. Cistude Nature a aussi réalisé, pour le compte de l'agglomération de Mont-de-Marsan, le plan de gestion écologique du Site de Castets à Bougue.